Ähnlich wie bei Windows 9x/Me werden die Registrierungsdateien eines NT-basierten Systems mit der Zeit fragmentiert, belegen so auf der Festplatte mehr Speicherplatz als nötig und verringern die allgemeine Systemleistung. Sie sollten das Utility NTREGOPT regelmäßig benutzen, auf jeden Fall aber nach der Installation oder Deinstallation eines Programms, um die Größe der Registrierung zu minimieren und den Zugriff auf die Registrierung zu optimieren. Das Programm erstellt jede Registrierungsdatei "von Grund auf" neu, sodass übrig gebliebene Lücken in den Dateien von geänderten oder gelöschten Registrierschlüsseln eliminiert werden. Beachten Sie, dass das Programm NICHT den Inhalt der Registrierung in irgendeiner Weise verändert. Auch findet keine Defragmentierung der Dateien auf der Platte statt (etwas, das das Programm PageDefrag von SysInternals tut). Die von NTREGOPT durchgeführte Optimierung besteht lediglich aus der Verkleinerung der Registrierungsdateien auf die kleinstmögliche Größe.